Thảm thực vật rừng tại An Huy có sự chuyển tiếp rõ ràng giữa bắc và nam, phía bắc Hoài Hà thuộc đới rừng lá rộng ôn đới ấm với nhiều cây dương, hòe, đồng; phía nam Hoài Hà là khu vực thuộc đới rừng lá rộng hỗn giao thường xanh và rụng lá bắc cận nhiệt đới và đới rừng lá rộng thường xanh trung cận nhiệt đới với nhiều cây tùng, sam và trúc. Năm 2011, toàn An Huy có 4,4 triệu ha đất rừng, chiếm 31,7% diện tích toàn tỉnh. Tổng diện tích rừng của An Huy là khoàng 3,6 triệu ha, tỷ lệ che phủ rừng đạt 26,06%. An Huy có 21 đơn vị cấp huyện đồi núi, toàn bộ nằm tại vùng Đại Biệt Sơn ở Hoản Nam và Hoản Tây, tỷ lệ che phủ rừng trung bình ở các địa phương này lên tới trên 50%; 65 đơn vị cấp huyện đồng bằng dọc Trường Giang và Hoài Hà có tỷ lệ che phủ rừng bình quân là trên 15%; khu vực gò đồi và sườn đồi giữa Trường Giang và Hoài Hà có tỷ lệ che phủ rừng trên dưới 12%.[9]

Tỉnh An Huy có tài nguyên động thực vật vật hoang dã phong phú, với nhiều loài khác nhau. An Huy có 4.245 loài thực vật có mạch, chiếm 14,2% số loài thực vật có mạch tại Trung Quốc, trong đó có 6 loài thực vật được bảo hộ quốc gia cấp 1 và 25 loài được bảo hộ quốc gia cấp 2. Toàn tỉnh An Huy có 44 bộ, 121 họ với 742 loài động vật có xương sống, chiếm 14,1% toàn quốc, trong đó có 21 loài động vật được bảo hộ quốc gia cấp 1, 70 loài được bảo hộ quốc gia cấp 2, với các loài đặc hữu như cá sấu Dương Tử (Alligator sinensis) và cá heo Dương Tử (Lipotes vexillifer) tại lưu vực Trường Giang ở trung bộ An Huy.[9]